Kariera wojskowa W trakcie swojej kariery wojskowej Obregón był zagorzałym zwolennikiem Carranzy, który po objęciu urzędu prezydenta mianował go ministrem wojny i marynarki wojennej. Wtedy też otrzymał zadanie ujarzmienia rebelianckich sił Pancho Villi i Emiliano Zapaty. Oddziały rządowe dowodzone przez Obregóna starły się z powstańcami Villi w czterech bitwach. Pierwsza miała miejsce 6 kwietnia oraz 7 kwietnia 1915 r. i zakończył się zmuszeniem Villistów do odwrotu. Drugie starcie pod Celaya (stan Guanajuato) trwało od 13 do 15 kwietnia, kiedy to Villa zaatakował miasto Celaya, ale został z niego wyparty. Trzecia bitwa miała charakter pozycyjny, walczono wówczas w okolicach Trinidad i Santa Ana del Conde a walki toczyły się od 29 kwietnia do 5 czerwca. Villa został tutaj znowu pokonany, a Obregón stracił wówczas prawe ramię. Ostatnią próbę zatrzymania wojsk rządowych powstańcy podjęli pod Aguascalientes 10 czerwca, ale znowu bez powodzenia.