– prefektura na wyspie Kiusiu (Kyūshū), w Japonii. Jej stolicą jest miasto Kumamoto.
Prefektura Kumamoto rozciąga się wzdłuż zachodniego wybrzeża Kiusiu. Graniczy z: prefekturą Fukuoka na północy, prefekturą Ōita na północnym wschodzie, prefekturą Miyazaki na wschodzie i południowym wschodzie oraz prefekturą Kagoshima na południu. Jej zachodnie wybrzeża oblewają wody zatok: Ariake-kai, Shimabara-wan, Yatsushiro-kai (Shiranui-kai), które wychodzą na Morze Wschodniochińskie.
Wyspy Amakusa Około 60 km na południowy zachód od miasta Kumamoto usytuowana jest grupa wysp o nazwie Amakusa, składająca się (w granicach prefektury) z trzech dużych wysp (Oyano, Kami, Shimo) i setek mniejszych.
W XVI wieku dotarli tu pierwsi europejscy misjonarze, którzy przez wiele lat prowadzili swoją działalność krzewienia chrześcijaństwa, pozyskując znaczny procent mieszkańców i miejscowego daimyō, zanim religia ta została zakazana we wczesnym okresie Edo (1603–1868) przez siogunat Tokugawa. Na wyspach nadal znajduje się wiele muzeów i kościołów, które ukazują to religijne dziedzictwo. Główne wyspy są połączone ze sobą i Kiusiu mostami, a promy zapewniają połączenia z mniejszymi wyspami.