W okresie Edo chłopi żyjący na wyspach Amakusa cierpieli głód, byli surowo traktowani, zmuszani do płacenia wysokich podatków i prześladowani z powodu wyznawanego przez nich chrześcijaństwa. W proteście dołączyli do chłopów z pobliskiego półwyspu Shimabara i wystąpili przeciwko swemu daimyō w latach 1637–1638. Powstanie zostało nazwane rebelią Shimabara, ponieważ toczyła się ona głównie na półwyspie. Bunt został stłumiony przez siogunat i zakończył się śmiercią kilkudziesięciu tysięcy rebeliantów, misjonarze zostali wydaleni z Japonii oraz przeprowadzono rozprawę z praktykującymi chrześcijanami w całym kraju, zwłaszcza w regionach Amakusa i Shimabara, gdzie religia ta była szeroko zakorzeniona..
Ci, którzy nadal praktykowali swoją wiarę chrześcijańską na tym obszarze, „ukryci chrześcijanie”, ukrywali ją pod przykryciem buddyzmu. Obrazy Matki Boskiej przypominały buddyjską Kannon, a krucyfiksy były wyryte z tyłu posągów buddyjskich lub ukryte w innych przedmiotach. Chrześcijanie zmienili także swoje modlitwy tak, aby przypominały śpiewy buddyjskie. Władze przeprowadzały coroczne kontrole mające na celu wykorzenienie chrześcijan. Jedną z metod sprawdzenia było skłonienie do deptania świętych obrazów (fumi-e).