W 1933 władze państwowe zlikwidowały jego katedrę i przeniosły go w stan spoczynku, a w 1934 na emeryturę.
Był jednym z założycieli, udziałowcem i członkiem rady nadzorczej Krakowskiej Spółki Wydawniczej, w ramach której był też redaktorem serii Biblioteka Narodowa (do 1933). Współpracował z wydawnictwem Trzaska, Evert i Michalski. Wraz z Aleksandrem Brücknerem, Karolem Estreicherem, Stanisławem Lamem współredagował m.in. Encyklopedię staropolską wydaną w latach 1937–1939 w Warszawie. Należał do inicjatorów działającej do 1927 pod egidą Ministerstwa Wyznań Religijnych i Oświecenia Komisji do Badania Dziejów Wychowania i Szkolnictwa w Polsce, został jej sekretarzem i redaktorem wydawnictw. Następnie przewodniczył Komisji dla Dziejów Oświaty i Szkolnictwa w Polsce przy Polskiej Akademii Umiejętności. Zajmował się też dziejami polskiej reformacji, był redaktorem rocznika Reformacja w Polsce.
W 1921 został członkiem korespondentem, w 1928 członkiem czynnym PAU, był też członkiem Komisji Historycznej PAU (od 1920), sekretarzem Komisji do Badań w Zakresie Historii Literatury i Oświaty w Polsce (1920–1924) i dyrektorem wydawnictw tej komisji (1930-1933). W 1928 został członkiem Czeskiej Akademii Nauk.