Wszystkie te fakty u pozostałych członków KC wywołały podejrzenie, że inicjatorem zabójstwa Nowotki był sam Bolesław Mołojec. Poszlaką miało być również pobranie broni służbowej tuż przed zamachem przez drugiego z braci Mołojców – Zygmunta. To on według oskarżycieli miał zastrzelić Nowotkę. Niespełna miesiąc po zabójstwie Nowotki – 29 grudnia 1942 roku – Finder, Fornalska, Jóźwiak i Gomułka – ze względu na zagrożenie dla podziemnej działalności PPR – podjęli decyzję o likwidacji Mołojca, która została dokonana przez Janka Krasickiego jeszcze tego samego dnia na ul. Kamienne Schodki. Na posiedzeniu KC PPR 31 grudnia 1942 r. powołano komisję partyjną na czele z adwokatem Teodorem Duraczem, która miała zbadać sprawę i przedstawić po wojnie wyniki swojej działalności. Komintern poinformowano o partyjnych rozliczeniach 8 stycznia 1943 roku. Komisja Duracza ustaliła, że 28 listopada 1942 r. (w dniu, w którym zginął Nowotko) brat Bolesława Mołojca – Zygmunt ps. „Anton”, będący ówcześnie kierownikiem wydziału informacji Sztabu Głównego Gwardii Ludowej, pobierał broń z konspiracyjnego magazynu celem likwidacji nieznanego mu wcześniej prowokatora w szeregach PPR. W tej sytuacji po rozmowach wyjaśniających z Zygmuntem Mołojcem wyrokiem śmierci objęto również jego.