Na mapie Ukrainae pars quae Podolia Palatinatus vulgo dicitur Beauplana sprzed 1648 roku Skałat występował jako wieś kościelna, podczas gdy Tarnopol, Chorostków, Satanów jako ufortyfikowane miasta; został też omyłkowo razem z Tarnopolem zaliczony do województwa podolskiego. Podczas powstania Chmielnickiego w latach 1648, 1649 i 1651 zamek został zrujnowany. Wkrótce potem w czasie potopu szwedzkiego 26 lipca 1657 pod Skałatem sprzymierzeni z Rzecząpospolitą Tatarzy rozgromili wracające do Siedmiogródu z wyprawy przeciw Polsce wojska Jerzego II Rakoczego, który 3 dni wcześniej skapitulował przed wojskiem polskim pod Międzybożem. Zginęło 500 żołnierzy a 11 000 dostało się do niewoli tatarskiej. Najazd turecki 1672 roku zniszczył miasteczko, które popadło w kompletną ruinę po zdobyciu przez 40-tysięczną armię turecko-tatarską Szyszmana Paszy w 1675. Miasto bardzo powoli wracało do życia. Pod koniec XVII wieku Jan Firlej przebudował zamek i zaadaptował jako swoją rezydencję. Wewnątrz zamku przy wschodnim murze wybudowano pałac, a w północno-wschodnim murze pojawiła się brama wjazdowa ozdobiona figurą rycerza, urnami i tablicą informacyjną opisującą historię zamku. Odnowiono też wieże zamkowe, dodano 2 ceglane kondygnacje licowane kamieniem wapiennym. Mury zamkowe miały odtąd 6 metrów wysokości i 2 metry grubości.