Początkiem ich zagłady stał się okres po przymusowym wysiedleniu z tamtych ziem Polaków, bez których opieki miejsca te były świadomie i sukcesywnie dewastowane zarówno przez władzę sowiecką, jak i miejscową ludność ukraińską. Ekspatriowani parafianie zabrali ze sobą łaskami słynący obraz Matki Bożej Zbaraskiej, będący XVI-wieczna kopia obrazu Matki Bożej Częstochowskiej. W 1970 r. obraz ten dekretem bp. Ignacego Tokarczuka, pochodzącego ze wsi Lubianki Wyższe k. Zbaraża, został umieszczony w parafii Matki Bożej Zbaraskiej w Prałkowcach. Między 1945 a 1990 rokiem usytuowano w klasztorze zbaraskim szpital, a następnie mieściła się tutaj fabryka. Podobny los spotkał kościół, w którym umieszczono magazyn i niektóre pracujące urządzenia przykościelnej fabryki. Całkowicie zniszczono ołtarze, posadzki i podziemia kryjące szczątki mnichów. Z pierwotnego wyposażenie zdołało się uratować niewiele – tylko to, co udało się Polakom, wyjeżdżającym przymusowo ze swoich ziem ojczystych, przewieźć za Bug. Uratowane przedmioty złożono w bernardyńskich kościołach w Leżajsku, Rzeszowie i Alwerni. Po 1990 roku kompletnie zrujnowany kościół został oddany Bernardynom. Prace konserwatorskie jedynie częściowo przywróciły świątyni przedwojenny wdzięk. 3 września 2000 świątynia ponownie została uroczyście poświęcona przez metropolitę lwowskiego ks. abp.