Okupacja sowiecka i niemiecka Od 1939 Zaleszczyki były pod okupacją ZSRR. Powstała tu konspiracyjna Krajowa Akcja w Obronie Narodu (KAWON), zajmująca się głównie przerzutem polskich wojskowych do Rumunii. Jej siedzibą było mieszkanie ks. wikarego Andrzeja Urbańskiego, który po aresztowaniu przez Sowietów dowództwa i obsługi radiostacji objął kierownictwo organizacji. Zaleszczyki w latach 1941–1944 znalazły się pod okupacją III Rzeszy w dystrykcie Galicja Generalnego Gubernatorstwa. Od 16 sierpnia 1945 znajdowały się w granicach ZSRRPo konferencji jałtańskiej (4–11 lutego 1945), wyłoniony w konsekwencji jej ustaleń Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej podpisał 16 sierpnia 1945 umowę z ZSRR, uznając nieco zmodyfikowaną linię Curzona za wschodnią granicę Polski, w oparciu o porozumienie o granicy zawarte pomiędzy PKWN i rządem ZSRR 27 lipca 1944..
W lipcu 1941 roku funkcjonariusze NKWD zatopili w Dniestrze kilka wagonów z więźniami przywiezionymi z więzień w Czortkowie i Kołomyi, mordując w ten sposób nieustaloną liczbę osób.
W latach 1943–1945 miasto było schronieniem dla ludności z okolicznych wiosek przed atakami OUN-UPA, niemniej jednak nacjonaliści ukraińscy zamordowali na okolicznych drogach 25 Polaków.