Niemniej jednak, większość problemów zostało rozwiązanych w ciągu miesiąca, a lotnisko działało już normalnie.
Po atakach z 11 września 2001, system bezpieczeństwa portu lotniczego został zmodernizowany, jak również wyposażenie medyczne w związku z różnymi epidemiami występującymi w krajach sąsiednich.
Na początku 2002, okazało się, że lotnisko będzie przepełnione w roku 2006. W rezultacie w lutym 2002 r, została rozpoczęta budowa drugiego etapu. Pierwotnie budowa miała się zakończyć do grudnia 2008. Jednak ze względu na Igrzyska Olimpijskie w Pekinie w 2008 r., harmonogram budowy został zmodyfikowany w celu umożliwienia ukończenia budowy w lipcu 2008 roku.
W dalszej rozbudowie, Inczon i główna koreańsa firma logistyczna (spółka zależna od Korean Air) Hanjin Corporation podpisały umowę 10 stycznia 2008 r. dotyczącą zbudowania dziewięciopiętrowego szpitala w pobliżu lotniska. Po zakończeniu budowy w 2011, Yeongjong Medical Centre ma służyć okolicznym mieszkańcom i 30 000 krajowych i zagranicznych turystów, którzy przybywają na leczenie do Korei.