Kariera zawodowa W 1616 powrócił do Lowanium, gdzie kierował kolegium św. Pulcherii, przeznaczonym dla studentów niderlandzkich. Uczniowie uznawali go za wymagającego nauczyciela obdarzonego cholerycznym temperamentem i odludka izolującego się od życia środowiska akademickiego. Mimo to odegrał on dużą rolę w oporze uniwersytetu wobec jezuitów, którzy założyli w Lowanium własną szkołę teologiczną, rywalizującą z wydziałem teologicznym uniwersytetu. By przeciwstawić się ich zamiarom Jansen był dwukrotnie wysyłany do Madrytu, w 1624 i 1626 - za drugim razem naraził się inkwizycji. Jego starania wspierał biskup misyjny północnych Niderlandów Rovenius, także pozostający w konflikcie z jezuitami, którzy starali się prowadzić misję w Niderlandach niezależnie od niego. Jansen kilkukrotnie polemizował także z Voetiusem, teologiem kalwinistycznym, znanym także z ataków na Kartezjusza.