Wznowiono stosunki dyplomatyczne i gospodarcze pomiędzy państwami, oba kraje wyrzekły się wszelkich działań godzących w suwerenność i integralność polityczną swojego sąsiada oraz zapewniły, że nie będą wykorzystywać symboli stanowiących element historycznego dziedzictwa kulturowego sąsiada. W efekcie Macedonię przyjęto do Rady Europy i OBWE.
thumb|400px|Kraje/podmioty (mapa z 2013) Po podpisaniu porozumienia stosunki grecko-macedońskie się poprawiły. Konflikt jednak nie wygasł, choć wiosną 2004 roku Macedonia wycofała swoje wojska znad granicy z Grecją w ramach projektu zdemilitaryzowania wszystkich granic tego państwa, a Grecja była największym partnerem handlowym i zagranicznym inwestorem w tym kraju. Jego efektem było zablokowanie przez Grecję w 2008 przystąpienia Macedonii do NATO oraz zawetowanie otwarcia negocjacji akcesyjnych tego kraju do Unii Europejskiej w 2009. Z kolei Macedonia odmówiła zgody na tranzyt greckich sił pokojowych wysyłanych do Kosowa. Stanowisko Grecji poparła także Bułgaria, zarzucająca Macedonii antybułgarską kampanię. Sytuacji nie zmieniło orzeczenie Międzynarodowego Trybunału Sprawiedliwości z 2011, w którym uznano zablokowanie członkostwa Macedonii w NATO za stanowiące naruszenie porozumienia z 1995.