Królowie Prus 6 grudnia 1740 do Zielonej Góry wkroczyły wojska pruskie. Wkrótce Prusy opanowały prawie cały Śląsk (bez Śląska Opawskiego i Cieszyńskiego) i od tego czasu miasto znalazło się na terenie pruskiej prowincji śląskiej ze stolicą we Wrocławiu. Wojny napoleońskie i przemarsz wojsk francuskich i polskich ułanów na wschód spowodowały, że w 1812 miasto pozostawało pod faktyczną okupacją francuską. Po klęsce „Wielkiej Armii” w wojnie przeciw Rosji Francuzi wycofali się 8 sierpnia 1813, a 27 sierpnia do miasta wkroczyły oddziały rosyjskie i pruskie. Miasto pozostało w granicach Królestwa Prus, wchodząc w skład rejencji legnickiej Śląska, tuż przy granicy z Brandenburgią. W 1898 zielonogórzanin Kazimierz Lisowski założył Towarzystwo Rzemieślników Polskich istniejące do 1935, którego został prezesem. Po zamordowaniu Lisowskiego przez Niemców towarzystwo uległo rozwiązaniu.