Po sukcesie „Operacji Yashima“, planowanej przez nią bardzo kosztownej operacji wojskowej polegającej na wykorzystaniu systemu energetycznego całej Japonii do zniszczenia piątego anioła, Ramiela, awansuje na .
Pilotów evangelionów, którymi się opiekuje, traktuje w pewnym sensie jak własne dzieci, dlatego jest zdecydowanie przeciwna poświęcaniu ich „dla dobra sprawy”, do czego zdolna jest np. Ritsuko. Jest w dużym stopniu nieprzygotowana do dorosłego życia, co objawia się poprzez jej bałaganiarstwo i często dziecinne zachowanie (w anime musi się upić, by wyznać Kajiemu, dlaczego od niego odeszła), poza tym niezbyt dobrze gotuje, jednak zdaje się tym nie przejmować i często można ją zobaczyć popijającą piwo Yebisu. Oprócz Shinjiego i Asuki w jej domu w Tokio-3 mieszka też Pen-Pen, zmodyfikowany pingwin, który zadomowił się w lodówce. Misato jest do niego bardzo przywiązana.