Misato dzieli specjalną przyjaźń z Ritsuko Akagi i była dziewczyną Ryojiego Kaji w czasie, gdy cała trójka była studentkami. Wraz z rozwojem historii ujawniają się pewne szczegóły dotyczące przeszłości Misato. Była na Antarktydzie w czasie Drugiego Uderzenia, gdy towarzyszyła jej ojcu, dr Katsuragi, przywódcy ekspedycji KatsuragiEvangelion, odcinek 12. Dr Katsuragi próbował chronić swoją córkę, umieszczając ją w kapsule ochronnej (przypominającej Entry Plug) tuż przed własną śmiercią. Kapsuła uratowała jej życie, ale odniesione urazy pozostawiły dużą bliznę na jej klatce piersiowejEvangelion, odcinki 10, 12 i manga. Dwa lata po Drugim Uderzeniu Misato pojawia się na pokładzie statku, który sprowadził Kozo Fuyutsuki i Gendo Ikari na ruiny AntarktydyEvangelion, odcinek 21. Po zobaczeniu jej w pokoju, Fuyutsuki powiedziano, że Misato nie odezwała się po Drugim Uderzeniu. Jej mutyzm ustąpił, gdy zaczęła uczęszczać na uniwersytet, od tego czasu zaczęła też być bardziej towarzyska i rozmowna; Ritsuko wspomina, że na studiach Misato nadrabiała stracony czas.