Misato w latach swojej młodości była związana z Kajim, a chociaż się do tego nie przyznawała, bardzo przypominał on jej ojca. W trakcie rozwoju historii Misato odkrywa, że Kaji, oprócz pracy dla NERV, potajemnie pracuje również dla Departamentu Wywiadu w Japonii. Misato grozi, że go zabije, jeśli nie zaprzestanie swoich planów sabotażu. Jednak dzięki niemu zaczyna zdawać sobie sprawę z tajnych planów NERVu i SEELE, a co najważniejsze – z Projektu Dopełnienia Ludzkości.
Air/Magokoro o, kimi ni W Air/Magokoro o, kimi ni Misato ratuje życie Shinjiego, zabijając trzech żołnierzy JSSDF. Wciąga go do swojego samochodu i popycha Shinjiego w stronę wyrzutni jednostki 01. W efekcie tej walki zostaje śmiertelnie ranna, a tuż przed rozstaniem przekonuje Shinjiego, by raz jeszcze pilotował Unit 01, a następnie oddaje dorosły pocałunek. Krótko przed śmiercią Misato zastanawia się, czy Kaji wierzy, że postąpiła słusznie. Jej ciało zostaje zniszczone przez zespoły rozbiórkowe JSSDF. Na chwilę przed wybuchem, nad jej ciałem pojawia się obraz Rei.
Manga W mandze historia i charakter Misato są zasadniczo takie same, choć z drobnymi poprawkami. Manga pokazuje, że wzięła Pen-Pena do siebie, ratując go przed eutanacją.