W 1898 r. otrzymał honorowy doktorat Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie. Członek honorowy Towarzystwa Muzeum Narodowego Polskiego w Rapperswilu od 1894 rokuSprawozdanie z Zarządu Muzeum Narodowego Polskiego w Rapperswylu za Rok ...., 1899, s. 5..
Śmierć thumb|Grób Abpa Izaaka Isakowicza na Cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie Zmarł 29 kwietnia 1901 r. we Lwowie. Zgodnie z ostatnią wolą na pogrzebie zamiast kwiatów zbierano datki na polskie gimnazjum w Cieszynie, którego budowę Isakowicz wspierał od samego jej początku. Pochowany został na Cmentarzu Łyczakowskim, obok grobu arcybiskupa Stefanowicza. Jego nagrobek, wykonany przez Juliusza Bełtowskiego, w postaci kamiennej tablicy z infułą i pastorałem, zachował się wraz z napisami w języku polskim w dobrym stanie do dziś.
Upamiętnienie thumb|Tablica pamiątkowa na domu rodzinnym Założony w 1868 staraniem członków wydziału powiatowego stanisławowskiego „Zakład powiatowy ochronki opuszczonych chłopców w Stanisławowie” otrzymał imię Arcybiskupa Izaaka Isakowicza.
W 1905 na fasadzie domu rodzinnym biskupa została ustanowiona tablica upamiętniająca jego osobę. W tym samym roku społeczeństwo galicyjskie ufundowało w katedrze ormiańskiej popiersie arcybiskupa, które z białego kanaryjskiego marmuru wykonał Juliusz Bełtowski.