Imię Izaaka Isakowicza nosiły we Lwowie do 1939 r. ulica i szkoła podstawowa. Tablica pamiątkowa w setną rocznicę jego śmierci wmurowana została 15 maja 2001 r. przez ks. kard. Franciszka Macharskiego w krużgankach klasztoru karmelitów w Krakowie. W tymże klasztorze znajduje się portret arcybiskupa ofiarowany w 1934 r. przez Władysławę Isakowicz. Drugi portret, pędzla Teodora Axentowicza, znajduje się obecnie we Lwowskiej Galerii Obrazów. W kurii krakowskiej zachował się zbiór 366 listów Isakowicza napisanych do ormiańskiej rodziny Krzysztofowiczów.
Z okazji setnej rocznicy śmierci arcybiskupa do Lwowa przybył Wielce Błogosławiony Nerses Bedros XIX, patriarcha Kościoła katolickiego obrządku ormiańskiego z Bejrutu, który 4 listopada 2001 r. modlił się przy grobowcu arcybiskupa Izaaka Mikołaja Isakowicza. W tym samym dniu za jego duszę patriarcha odprawił mszę św. w katedrze greckokatolickiej św. Jura oraz nabożeństwo żałobne w katedrze ormiańskiej. W tej intencji Patriarcha modlił się także w kościele ormiańskim w Stanisławowie, przekształconym obecnie w katedrę prawosławną.