Historia thumb|Oprawy starych ksiąg w bibliotece Merton College Dokładna data założenia uniwersytetu nie jest znana, ale wiadomo, że należy on do najstarszych średniowiecznych uniwersytetów. Istnieją dane wskazujące na to, że wykładano tu już w roku 1096. Od 1167, w którym król Henryk II zakazał Anglikom studiować na Uniwersytecie Paryskim, Uniwersytet Oksfordzki zaczął gwałtownie się rozwijać i zyskiwać na znaczeniu. W tym czasie założono pierwsze Halls of Residence (w pewnym stopniu odpowiadające konwiktom), które później stały się kolegiami (ang.: ).
Akademicy nie żyli w przyjaźni z mieszkańcami Oksfordu, co w czasach średniowiecznych było ogólnym standardem w stosunkach uniwersytet–miasto. W 1209 jeden ze studentów został oskarżony o gwałt na mieszczance. Mieszczanie aresztowali trzech przyjaciół domniemanego gwałciciela (on sam się ukrywał), którzy zostali następnie powieszeni na rozkaz króla Jana. Na skutek tego zajścia, wielu uczonych rozpierzchło się po kraju, a część z nich najprawdopodobniej założyła University of Cambridge.