Mieszkańcy miasta szukali pomocy w zażegnaniu konfliktu z akademikami u legata papieskiego, Nicholasa de Romanis, który w roku 1214 usiłował rozwiązać problem, nadając uniwersytetowi kartę praw i ustanawiając urząd kanclerza (ang. ). Choć poprawiło to sytuację uniwersytetu, niesnaski bynajmniej się nie zakończyły.
W XIII-XIV wieku środowisko naukowe Oksfordu odegrało ważną rolę w rozwoju nauk matematyczno-przyrodniczych. Działali tu m.in. Robert Grosseteste, Roger Bacon i inni przedstawiciele tzw. szkoły oksfordzkiej.
W roku 1355, w dniu św. Scholastyki, czyli 10 lutego, w lokalnej tawernie kłótnia pomiędzy miejscowymi a dwoma studentami przerodziła się w bijatykę, a potem dwudniowe zamieszki, w wyniku których zabitych zostało 63 akademików i około 30 miejscowych. Po tym wydarzeniu, król Edward III potwierdził prymat Uniwersytetu nad miastem, nadając mu dodatkowe przywileje i nakazując burmistrzowi oraz radzie miejskiej co roku w dniu św. Scholastyki przechodzić ulicami miasta z odkrytymi głowami i płacić Uniwersytetowi grzywnę: jednego pensa za każdego zabitego akademika. Trwało to aż do roku 1825. Również od XIV wieku dwóch posłów reprezentuje Uniwersytet w Izbie Gmin.