W czasie reformacji na Oksfordzie działali Jan Hus i John Wyclif (Jan Wiklef). Mimo to tymczasowo zawieszono działalność uniwersytetu. W 1571 został on reaktywowany przez parlament za zgodą Elżbiety I. Po rewolucji angielskiej i wojnie domowej, wraz z powstaniem Royal Society uniwersytet w Oksfordzie zyskał dobre warunki rozwoju. Działali tu m.in. Edmond Halley, Robert Hooke i Robert Boyle. W tym czasie uczelnia szkoliła elitę państwową i kościelną.
W XIX wieku w teologii anglikańskiej dużą rolę odegrał tzw. ruch oksfordzki (reprezentowany m.in. przez Johna Henry’ego Newmana), dążący do odnowienia Kościoła anglikańskiego na zasadach wczesnochrześcijańskich i dający początek katolicyzującemu anglikanizmowi (reprezentowanemu m.in. przez oksfordczyka, C.S. Lewisa). W filozofii na Uniwersytecie rozwinął się tzw. idealizm brytyjski (odłam heglizmu, reprezentowany m.in. przez F.H. Bradleya), a później w opozycji do niego tzw. oksfordzka szkoła realistów. Pod względem strukturalnym Oksford pozostał uniwersytetem kolegialnym, jakkolwiek w XIX w. przeszedł reorganizację na wzór uniwersytetów niemieckich (łączenie funkcji dydaktycznej z prowadzeniem badań naukowych), rozbudowano podział na wydziały, wprowadzono laboratoria, pracownie, instytuty uniwersyteckie.