Zofia była nieco nadopiekuńczą, aczkolwiek bardzo troskliwą i kochającą matką dla swoich dzieci. Żywo interesowała się ich wychowaniem oraz edukacją. Razem z mężem starali się zadbać o szczęśliwe i beztroskie dzieciństwo swojego potomstwa. Każdego wieczoru czytała na głos swoim dzieciom powieści takie jak Podróże Guliwera czy Szwajcarska rodzina Robinsonów. Kiedy dzieci podrosły często para zabierała je na spacery, przedstawienia teatralne oraz wystawy w Wiedniu. Śmierć ich jedynej córki, Marii Anny, Zofia bardzo mocno przeżyła. Trauma związana z tym wydarzeniem spowodowała, że arcyksiężna urodziła martwego syna.
Jej ukochanym dzieckiem był Maksymilian, którego uważała za inteligentnego i najbardziej wrażliwego spośród swoich synów, jednak to właśnie z najstarszym synem Franciszkiem Józefem związała wszystkie swoje ambicje. Chociaż bardzo go kochała, wymagała od niego wiele więcej niż od pozostałych dzieci. Zawsze starała się, aby mały Franciszek, jako najstarszy arcyksiążę grał czołową rolę w teatrzykach dworskich, chociaż nie posiadał talentu aktorskiego. Doskonale zdając sobie sprawę, że Franciszek ma szanse na objęcie austriackiego tronu, Zofia przywiązywała ogromną wagę do jego edukacji.