Dobierała wychowawców dla syna, nadzorowała proces wychowania, a nawet osobiście brała udział w lekcjach, chociaż z czasem ich program przekroczył stan jej wiedzy.
Arcyksiężna Austrii mały|258x258px|Młoda Zofia mały|lewo|228x228px|Arcyksiężna Zofia z synem Franciszkiem Józefem Zdolna i piękna Zofia szybko zyskała popularność oraz silną pozycję na dworze austriackim. Miała bardzo dobre relacje z teściem Franciszkiem II. W liście do swojej babki wspomina, że cesarz okazywał jej wręcz przytłaczającą życzliwość i traktował ją jak własną córkę. Przyjazne stosunki utrzymywała również z teściową Karoliną Augustą, która była równocześnie jej przyrodnią siostrą. Chociaż Zofia bywała zazdrosna o popularność siostry, nie wpłynęło to negatywnie na ich wzajemne relacje, a kobiety były sobie bardzo bliskie. Popadła jednak w konflikt z kanclerzem Klemensem von Metternichem.