Farnakes zajął pozycję kilka kilometrów na północ od Zeli, miasta naturalnie obronnego i silnie ufortyfikowanego. Cezar rozłożył się początkowo obozem na południe od Zeli, ok. 8 km od obozu wroga. Zauważywszy jednak, że strome wzgórze, bardzo dogodne do obrony, między miastem a obozem Farnakesa, nie zostało zajęte przez nieprzyjaciela, nocnym marszem minął miasto i zajął tę dominującą pozycję. Legioniści, korzystając z materiałów dostarczonych przez sługi obozowe, rozpoczęli fortyfikowanie silnego rzymskiego obozu. W poprzedniej bitwie ojciec Farnakesa, Mitrydates, wykorzystał właśnie to wzgórze jako element swej zwycięskiej taktyki; Cezar uznał, że zajęcie tej pozycji da mu więc także przewagę morale.
Farnakes wziął sługi noszące materiały budowlane za żołnierzy i postanowił zaskoczyć ich przy pracy. Szybko uformował szyk, zszedł ze swego wzgórza i uderzył na wojska rzymskie. Cezar uznał początkowo, że to tylko próba przeszkodzenia w budowie fortyfikacji lub atak pozorowany, a szturm na strome i naturalnie obronne wzgórze jest niemożliwy. Farnakes uderzał jednak w sile, a jego wojska utrzymały poprawny szyk, mimo trudnego terenu. Wysłana przez Cezara do walki pojedyncza linia piechoty zaczęła się chwiać (poza weteranami z VI legionu na prawym skrzydle). Uzbrojone rydwany, wsparte piechotą, przerwały linię rzymską w centrum.