Konflikt z papiestwem W międzyczasie Jan popadł w konflikt z papieżem Innocentym III. Powodem sporu była obsada stolicy arcybiskupiej w Canterbury po śmierci arcybiskupa Huberta Waltera, który zmarł 13 lipca 1205 r. Na temat osoby nominata doszło do sporu między królem i biskupami a kapitułą w Canterbury. Doszło to tego, że i król i kapituła wybrali swoich kandydatów. Kiedy obydwaj nominaci pojawili się w Rzymie, papież unieważnił ich nominacje i wybrał własnego kandydata, Stephena Langtona. Król Jan odmówił zaakceptowania Langtona jako arcybiskupa. Na tym stanowisku poparł go angielski kler i baronowie.
W lipcu 1207 r. Jan wygnał mnichów z Canterbury. W odpowiedzi papież nałożył interdykt na Królestwo Anglii. Król odpowiedział konfiskatą majątków kościelnych. Konflikt przeciągał się, a papież, obawiając się upadku wiary w Anglii, zezwolił w 1209 r. na odprawianie mszy przed kościołami. W listopadzie 1209 r. papież ekskomunikował króla Jana. W lutym 1213 r. papież zagroził Janowi pozbawieniem go korony, jeśli się nie podda. Król musiał się ugiąć i w 1213 r., w obecności legatów papieskich w kościele templariuszy w Dover, król oddał swoje państwo w opiekę Boga i świętych Piotra i Pawła. Zobowiązywał się płacić również roczną daninę papieżowi w wysokości 1000 marek (700 z Anglii i 300 z Irlandii).