Ze względu na wrogi stosunek archimandryty do hitlerowców w styczniu 1941 Komitet Kaukaski złożył na niego donos, jakoby miał być przed wojną współpracownikiem wywiadu polskiego. Zawarte w doniesieniu informacje zostały jednak zweryfikowane negatywnie. 5 maja 1942 został aresztowany przez gestapo i uwięziony na Pawiaku. W październiku został przeniesiony z celi w części piwnicznej więzienia na oddział roboczy. Według wspomnień więźniów Pawiaka pracował jako tłumacz. W połowie listopada, mimo starań PAKP o jego uwolnienie, został zesłany do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau. Prawdopodobnie przyczyną aresztowania był donos, w którym oskarżono go o szpiegostwo na rzecz Wielkiej Brytanii, według Jarosława Charkiewicza sporządzony również przez proniemiecko nastawionych Gruzinów. Istnieje także teza, według której powodem zatrzymania archimandryty była jego działalność wśród żołnierzy Legionów Wschodnich.