Śmierć Na temat losów archimandryty w obozie nie ma żadnych informacji. Również okoliczności jego śmierci 6 grudnia 1942 są opisywane w różny sposób. Według pierwszej wersji został wyprowadzony razem z więźniami trzech innych baraków na mróz, gdzie strażnicy oznajmili im, że nie pozwolą im wrócić do budynku, dopóki nie przyzna się osoba, która wcześniej ukradła chleb. Wówczas kapłan wystąpił z szeregu. Hitlerowcy poszczuli go psami, polali benzyną i podpalili. Według innej wersji archimandryta miał dobrowolnie zgłosić się na śmierć w komorze gazowej zamiast współwięźnia, o którym wiedział, że jest ojcem rodziny.
11 grudnia 1942 przyjaciel zamordowanego, diakon Jerzy Berkman-Karenin, otrzymał telegram z obozu w Auschwitz, w którym został poinformowany o jego śmierci. Warszawska metropolia prawosławna bezskutecznie zwracała się do komendanta obozu z prośbą o wydanie urny z jego prochami.
Kanonizacja i upamiętnienie mały|Tablica pamiątkowa na cerkwi św. Jana Klimaka w Warszawie, upamiętniająca zamordowanych w czasie II wojny światowej działaczy PAKP. Na tablicy podano najmniej prawdopodobną wersję śmierci Grzegorza Peradze – w obozie Mauthausen. mały|Ikona św. Grzegorza Peradze w soborze św. Marii Magdaleny w Warszawie mały|Kaplica św. archimandryty Grzegorza Peradze w Warszawie