Stało się tak głównie dzięki słabszej grze innych zawodników z czołowych miejsc. Przy obliczaniu rankingu bierze się pod uwagę punkty z dwóch poprzednich sezonów, czyli 2004/05 i 2005/2006. W trakcie trwania tych dwóch sezonów, Hendry wygrał tylko jedne zawody – wspomniany już turniej na Malcie, zaś w sezonie 2005/06 tylko raz udało mu się dojść do finału w rankingowym turnieju, w Northern Ireland Trophy, przegrał w nim z Walijczykiem Matthew Stevensem 7:9.
W Mistrzostwach świata w roku 2006 odpadł już w pierwszej rundzie. Mógł więc zostać wyprzedzony w rankingu przez Ronniego O’Sullivana i Kena Doherty’ego. Pierwszy z nich tracił do Hendry’ego zaledwie 300 punktów a drugi 425. Gdyby O’Sullivan wygrał mecz półfinałowy z o wiele niżej sklasyfikowanym Graeme’em Dottem (wówczas na 13 miejscu) a Ken Doherty mecz ćwierćfinałowy z jeszcze niżej sklasyfikowanym (na 24 miejscu wówczas) Marco Fu – obaj wyprzedzili by Hendry’ego na liście rankingowej. Niespodzianką było również odpadnięcie w pierwszej rundzie Higginsa, który również miał teoretyczną szansę na wyprzedzenie Hendry’ego.
W grudniu 2006 udało mu się dojść do finału UK Championship, w którym to przegrał 6:10 z Peterem Ebdonem.