W 2001 roku John Higgins doszedł do finału Mistrzostw świata, tym razem ulegając tam Ronniemu O’Sullivanowi 14-18. Na początku sezonu 2001/2002 Higgins – po wygranej w trzech pierwszych turniejach indywidualnych (The Champions Cup, Scottish Masters i British Open) – powrócił na pierwsze miejsce. Warto zaznaczyć także zwycięstwo drużynowe w Pucharze Narodów razem ze Stephenem Hendrym i Alanem McManusem. Od tego czasu jednak Szkot zanotował spadek formy i nie odniósł żadnego znaczącego zwycięstwa przez trzy kolejne lata aż do wygrania po raz czwarty British Open w 2004 roku. Kłopoty z grą zbiegły się w czasie z narodzinami pierwszego syna Higginsa, Pierce’a, w 2001 roku. Wpłynęło to na Szkota, który ograniczył liczbę i intensywność treningów. Pod koniec 2004 roku, żona Johna – Denise – urodziła ich drugiego syna – Oliviera.
W październiku 2005 w finale Grand Prix (snooker) w Preston pokonał Ronniego O’Sullivana 9-2, jako pierwszy zawodnik w historii turniejów rankingowych osiągając cztery breaki powyżej 100 punktów z rzędu;