zdobył po kolei 494 punkty bez odpowiedzi ze strony rywala. Higgins pokazał się jeszcze w dwóch finałach w sezonie 2005/2006, nieznacznie przegrywając z Kenem Dohertym w Malta Cup i z Markiem Williamsem w China Open.
W 2007 roku, na drodze do pierwszego od sześciu lat finału Mistrzostw świata, eliminował kolejno Michaela Holta, Fergala O’Briena, Ronniego O’Sullivana i Stephena Maguire’a. W finale pokonał Marka Selby’ego 18-13 zdobywając drugi w karierze tytuł mistrza świata. 5 maja 2007 roku w meczu półfinałowym Mistrzostw świata ze Stephenem Maguire’em wbił tysięcznego breaka stupunktowego w historii rozgrywania tego turnieju w Crucible Theatre.
Po wygranych mistrzostwach świata, John Higgins współorganizował Warsaw Snooker Tour – turniej, który odbył się w Polsce w czerwcu 2007 roku. W pierwszej rundzie Szkot zagrał z kilkukrotnym mistrzem polski Rafałem Jewtuchem, którego pokonał 4-2. W półfinale pokonał Steve’a Davisa 5-3. W finale spotkał się z Markiem Selbym, który miał okazję i zrewanżował się za przegraną w mistrzostwach pokonując Szkota 5-3. W następnym roku turniej przekształcił się w imprezę o szerszym zasięgu World Series of Snooker, która również była organizowana i firmowana przez Higginsa.