Po upadku powstania Czartoryscy zostali zmuszeni do emigracji, a majątek uległ konfiskacie. Puławy stały się spokojną, prowincjonalną miejscowością. W roku 1842 dla zatarcia śladów polskości, władze rosyjskie przemianowały Puławy na Nową Aleksandrię. Zapoczątkowany został rozwój placówek naukowo-oświatowych. Kolejno tworzono: w 1844 r. Instytut Wychowania Panien; w 1862 r. Instytut Politechniczny i Rolniczo-Leśny. Zajęcia w uczelni trwały tylko 3 miesiące, gdyż po wybuchu powstania styczniowego władze rosyjskie ją zamknęły. W krótkim okresie swojej działalności dydaktycznej instytut stał się ośrodkiem patriotycznej konspiracji młodzieży polskiej, a wielu jego studentów (m.in. Adam Chmielowski, czyli późniejszy Brat Albert, i Maksymilian Gierymski) wstąpiło do oddziału powstańczego Leona Frankowskiego. W 1869 r. w tym samym miejscu powstał Instytut Gospodarstwa Wiejskiego i Leśnictwa.
XX wiek W kwietniu 1905 r. doszło w Puławach z inicjatywy SDKPiL do nieudanej próby powstania zbrojnego żołnierzy i okolicznych chłopów przeciwko władzom carskim. W 1906 r. Puławy otrzymały prawa miejskie. W roku 1915 miasto opuściły wojska rosyjskie, potem austriackie.