Poza tym sukcesem reszta sezonu była niekorzystna; w China Open odpadł w pierwszej rundzie, w UK Championship przegrał 3:5 z Barrym Pinchesem w trzeciej rundzie. W trzeciej rundzie odpadł również w Grand Prix, tym razem ponosząc porażkę z Pakistańczykiem Shokatem Alim.
W rezultacie, w sezonie 1998/1999 Ebdon zaliczył spadek w światowym rankingu snookera o 6 miejsc, z pozycji 7 na 13.
Sezon 2000/2001 W tym sezonie Peter Ebdon zdobył dwa zwycięstwa w rankingowych turniejach. Pierwsze w turnieju British Open, gdzie w finale pokonał Jimmy’ego White’a wynikiem 9:6. W ćwierćfinałach pokonał Ronniego O’Sullivana wynikiem 5:3, a w półfinałach wygrał 6:2 ze Szkotem Alanem McManusem.
Drugie zwycięstwo zdobył w turnieju Scottish Open – w finale odniósł zwycięstwo 9:7 z Kenem Dohertym. W drodze do finału pokonał m.in. Graeme Dotta, Marka Williamsa oraz Alana McManusa.
W Grand Prix Ebdon odpadł w trzeciej rundzie, przegrywając wynikiem 2:5 z Brianem Morganem. W UK Championship 2000 odpadł w siódmej rundzie po porażce 9:4 z Johnem Higginsem, a w turnieju China Open w drugiej rundzie, 2:5 ze Stephenem Hendrym.