Uroczyste podniesienie polskiej bandery oraz nadanie nowej nazwy ORP „Warszawa” i numeru burtowego 271 nastąpiło 9 stycznia 1988 w Porcie Wojennym Gdynia. Matką chrzestną była Krystyna Antos, pracownica Huty Warszawa. Trzon załogi stanowiła kadra zawodowa służąca na poprzednim niszczycielu „Warszawa”, w tym dowódca kmdr ppor. Jerzy Wójcik. Początkowo okręt zaklasyfikowano jako duży okręt zwalczania okrętów podwodnych, a dopiero po 9 miesiącach zmieniono klasyfikację na niszczyciel rakietowy. Wchodził w skład 3 Flotylli Okrętów jako samodzielny pododdział. Stał się okrętem flagowym Marynarki Wojennej. 13 lipca 1988 roku z niszczyciela odpalono pierwsze rakiety w polskiej służbie, na poligonie radzieckim pod Bałtyjskiem. W połowie 1989 roku „Warszawa” weszła w skład Zjednoczonej Eskadry Okrętów Floty Bałtyckiej Układu Warszawskiego, z okrętami radzieckimi i NRD, biorąc następnie udział w ćwiczeniu Poligon '89. 9 kwietnia 1990 roku odbyło się w Gdyni pierwsze lądowanie śmigłowca PZL W-3 Sokół na pokładzie „Warszawa”, będące prawdopodobnie pierwszym lądowaniem śmigłowca na pokładzie okrętu Marynarki Wojennej.