W łupkach Emu Bay odnaleziono także kilkucentymetrowe koprolity ze szczątkami trylobitów – osiem z nich zawiera fragmenty trylobita Redlichia takooensis, trzy Estaingia bilobata, a jeden zawiera fragmenty osobników obu gatunków. Nedin (1999) uznał, że te trylobity zostały zjedzone przez Anomalocaris. Możliwe, że Anomalocaris polowała na nie wybiórczo – większa liczba koprolitów zawierających szczątki Redlichia niż Estaingia (będąca rodzajem bardziej licznym w zapisie paleontologicznym niż Redlichia) sugeruje, że Anomalocaris wolała żerować na Redlichia. Większość koprolitów jest wydłużona, ale część jest zaokrąglona. Te pierwsze mogły powstać w czasie, w którym drapieżnik poruszał się, a pozostałe podczas spoczynku.
Nie ma jednak pewności, że to Anomalocaris była drapieżnikiem, który upolował te trylobity – prawdopodobnie Anomalocaris nie był w stanie odżywiać się tak twardymi organizmami. Stożek gębowy był stosunkowo miękki – składał się z niezmineralizowanego naskórka. Symulacja komputerowa wykazała, że płytki stożka gębowego drapieżnika pękały szybciej niż pancerze jego potencjalnych ofiar, natomiast żaden znaleziony okaz Anomalocaris nie posiadał uszkodzonych płytek. Możliwe więc, że koprolity z łupków Emu Bay nie pochodziły od Anomalocaris, a od innego dużego drapieżnika.