Działalność konspiracyjna We wrześniu 1940 poszukiwał kontaktu ze znajomymi. Udał się na Aleje Ujazdowskie, gdzie spotkał mjr. Prohazkę. Dzięki pomocy swojego dawnego dowódcy otrzymał dokumenty na nazwisko „Zbigniew Kamiński”, a także nawiązał pierwsze kontakty z działaczami Związku Walki Zbrojnej. Został wkrótce zaprzysiężony, przyjmując pseudonim „Stanisław”. W okupowanej Warszawie oficjalnie pracował dla Przemysłowo-Handlowych Zakładów Chemicznych Ludwik Spiess i Syn.
Z racji swojej wiedzy i umiejętności zdobytych w szkole lotniczej szybko dostał się do grupy lotników, którzy typowali punkty przyszłych zrzutów dla Cichociemnych.
15 czerwca 1943 wydelegowany został w celu przygotowania zrzutów oraz odpowiednich miejsc dla przyszłych zrzutowisk na Wołyń, do Kowla. Otrzymał nowe dokumenty, tym razem występował jako „Zbigniew Jankowski”. Komenda Główna AK nadała mu także nowy pseudonim, „Motyl”. Na miejscu został kierownikiem obsługi zrzutów, był także oficerem w Sztabie Okręgu Wołyń AK płk. Kazimierza Bąbińskiego.