Wojna z Ptolemeuszem IX Soter II Lathyrosem Po oblężeniu Gazy Aleksander Jannaj zawarł przymierze z Ptolemeuszem IX Soterem II Lathyrosem. Jednak w rzeczywistości chciał w ten sposób podburzyć jego matkę Kleopatrę III przeciwko synowi. Kiedy Ptolemeusz dowiedział się o tym wyruszył przeciwko Judei. Po pokonaniu Jannaja koło Jordanu, zabił uciekających z żydowskiego wojska. Następnie zaatakował wsie Judei i rozkazał żołnierzom dusić kobiety i dzieci. Następnie pociął je na kawałki, gotował w kotłach i kazał spożyć jako ofiarę. Ten akt kanibalizmu miał przerazić ludność i wojsko Judei. Jannaj nie był już w stanie przeciwstawić się Lathyrowi, jednak Kleopatra III uniemożliwiała mu zajęcie Jerozolimy.
Arcykapłaństwo Aleksander Jannaj był w konflikcie z faryzeuszami, podczas gdy konkurencyjni dla nich saduceusze gorąco go popierali, o czym informuje rękopis z Kumran oznaczony jako 4 Q 448. Dodatkową niechęć faryzeuszy przeciwko niemu wzbudziło małżeństwo z wdową po Arystobulu I. Jannaj zyskał reputację władcy, który był bardziej zainteresowany podbojami niż wypełnianiem religijnych obowiązków arcykapłana. Podczas jednego z Świąt Szałasów Aleksander odmówił obrzędowego wylania wody na ołtarz, czym wyraził swoje poparcie dla saduceuszy. Spotkało się to z niezadowoleniem ludu, który wydrwił Jannaja i obrzucił go cytronami.