Aleksander rozkazał swoim żołnierzom wymordować buntowników. Zamordowali oni ponad sześć tysięcy ludzi w dziedzińcu świątyni. Takie postępowanie władcy miało znaczny wpływ na wybuch wojny domowej w Judei. Zwój znany jako Q 390 rzuca na tę sprawę nowe światło. Według niego faryzeusze chcieli zakończyć jednoczesne sprawowanie władzy arcykapłańskiej i cywilnej przez członków dynastii hasmonejskiej. Gdy Jannaj odmówił, rozpętała się wojna domowa.
Wojna domowa w Judei i ukrzyżowanie buntowników Kiedy po podboju przez Jannaja Gazy Nabatejczycy nie kontrowali już swoich szlaków handlowych prowadzących do Rzymu i Damaszku, doprowadziło to do ataku ich króla Obadasa I na Wzgórza Golan. Po przegranej bitwie Aleksander wycofał się do Jerozolimy. Wtedy to też wybuchła wojna domowa między nim a faryzeuszami i ich zwolennikami. Trwała ona sześć lat i pochłonęła pięćdziesiąt tysięcy ofiar. Kiedy Aleksander zaczął ją wygrywać, buntownicy poprosili o pomoc seleucydzkiego władcę Demetriusza III. Pokonał on Jannaja w okolicach Sychem i zmusił do ucieczki w góry. Jednak buntownicy ostatecznie uznali, że lepiej żeby krajem władał okrutny rodak, niż Seleucyda, i przyłączyli się do walki po stronie Aleksandra, który ostatecznie zatriumfował nad Demetriuszem. Koniec wojny dał poczucie narodowej solidarności przeciwko Seleucydom.