Jednak Jannaj nie był zainteresowany pojednaniem. Rozkazał ukrzyżować 800 buntowników i na ich oczach poderżnąć gardła ich żonom i dzieciom. Sam zaś przyglądał się temu widowisku ucztując ze swoimi nałożnicami. Wzmianki o tym wydarzeniu znajdują się w rękopisach znad Morza Martwego. Ponieważ mowa w nich o ekspansji Rzymian w Palestynie musiał być napisany już po upadku dynastii hasmonejskiej. Niektórzy uważają, że „gniewny lew”, który „wiesza żywcem ludzi” z qumrańskich rękopisów to naprawdę Demetriusz III, choć wydaje się to mało prawdopodobne. Wzmianki o ukrzyżowaniu buntowników i ucztowaniu Aleksandra w czasie niego znajdują się jednak u Flawiusza, co pozwala przyjąć historyczność tego wydarzenia. thumb|300px|Egzekucja faryzeuszy przez Aleksandra Jannaja, pokazująca króla ucztującego podczas egzekucji, Willem Swiddle (XVII wiek)
Moneta thumb|300px|Moneta Aleksandra Jannaja.Awers: Seleucydzka kotwica i grecka legenda: BASILEOS ALEXANDROU „Król Aleksander”.Rewers: Ośmioramienne koło albo gwiazda z diademem. Hebrajska legenda: „Yehonatan Król”.