W życiu prywatnym interesował się muzyką poważną (grał na fortepianie), turystyką górską, narciarstwem oraz literaturą hiszpańską i włoską. Zmarł 14 listopada 2002, wracając z konferencji naukowej we Włoszech. Został pochowany na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kw. GD-płn.-7). mały|Grób prof. Stanisława Łojasiewicza na cmentarzu Rakowickim
Upamiętnienie Nowo wybudowaną ulicę w Krakowie na terenie III Kampusu UJ, przy której mieści się Wydział Matematyki i Informatyki Uniwersytetu Jagiellońskiego, nazwano imieniem prof. Stanisława Łojasiewicza.
Od 2010 r. na Uniwersytecie Jagiellońskim odbywa się corocznie Wykład Łojasiewicza poświęcony jego pamięci. Wykładowi towarzyszą warsztaty przygotowujące.
RokWykładowcaUniwersytetKrajTytuł2010Shing-Tung YauHarvard UniversityChiny / Stany ZjednoczoneCoupled system of Hermitian metrics with Hermitian Yang-Mills system2011Richard S.