Po kilku miesiącach wśród Samoańczyków zorientował się, że życie tubylców, mimo pozorów, wcale nie było rajem. Tak pisał o tym do warszawskiego „Wędrowca”: „W spokojnych, palmami pokrytych siołach krajowców usadowili się misjonarze, by ich nauczać, a w ślad za nimi zbiegi z Botany-Bay i NorfolkKubary miał na myśli brytyjskie kolonie karne w dzisiejszym Sydney i na wyspie Norfolk., by ich demoralizować. Od roku 1830 datuje się cały szereg usiłowań, by Samoańczyków cywilizować, w rzeczywistości zaś tu się poczyna najazd gniotący zepsuciem i demoralizacją tę tak błogą przedtem krainę (...) karykatura cywilizacji”Smolińska, Sroka, s. 120..
Po zwiedzeniu Fidżi i Tonga udał się na Wyspy Marshalla, gdzie zapoczątkował badania Mikronezji. Czteromiesięczny pobyt na wyspie Ebon zaowocował krótką monografią geograficzno-etnograficzno-zoologiczną dla „Journal des Museum Godeffroy”. Monografia zawierała mapy, opisy wyglądu i życia mieszkańców, ich obyczajów, wierzeń, umiejętności żeglarskich. Co najważniejsze jednak, Kubary dołączył do pracy słowniczek języka ebońskiego, wysoko oceniony przez specjalistów. mały|220px|Kubary podczas pobytu na Palau Drugi etap podróży po Mikronezji odbył Kubary we wrześniu 1870 roku, docierając na brygu Zuzanna do wyspy Yap. Tam zajął się życiem mieszkańców.