Lemežis pojawił się we wszystkich, 35 spotkaniach swojej drużyny, a po jego strzałach bramkarze przeciwników pięciokrotnie musieli wyjmować piłkę z siatki. W europejskich pucharach zespół startował w Pucharze Intertoto. W pierwszej rundzie pokonali zespół z Irlandii Północnej Lisburn Distillery 1:0 i 1:0. Warto zauważyć, że zwycięstwie w Lisburn zapewnił Lemežis, który z rzutu karnego w 54 minucie zapewnił Litwinom zwycięstwo. W II rundzie spotkali się z łotewskim zespołem Dinaburg Daugavpils, z którym u siebie wygrali 2:0, także po bramce Lemežisa i w Daugavpils przegrywając 1:2. W trzeciej rundzie natrafili w losowaniu na grecki zespół Aigaleo Ateny. W pierwszym rozgrywanym w Atenach meczu Litwini wygrali 3:1, a bramkę na 1:0 zdobył Virmantas Lemežis. W rewanżu Žalgiris ponownie wygrał tym razem 3:2, a bramkę na 1:0 tak jak przed dwoma tygodniami zdobył Virmantas. Rok 2006 to kolejny rok stagnacji Žalgirisu, który zajął 4. miejsce w rozgrywkach. Kres świetnej formy wilnian nastąpił w IV rundzie, gdzie spotkali się z rumuńskim zespołem CFR Cluj. U siebie Žalgiris przegrał 1:2, a kontaktowego gola zdobył znany z Zagłębia Lubin białoruski zawodnik Aleksandr Osipowicz. W Klużu Litwini polegli jednak 1:5 i ich przygoda z Pucharem Intertoto się zakończyła. Lemežis pojawił się na boisku 27 razy, strzelając 3 gole.