2 lipca 1949 został aresztowany przez UB w Krakowie, a następnie w procesie pokazowym przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Krakowie, na wniosek prokuratora wojskowego Henryka Ligięzy 13 sierpnia 1949 został skazany w trybie doraźnym na karę śmierci przez sędziów Władysława Stasicę i Ludwika Kiełtykę. Wyrok wykonano 14 września 1949 przez rozstrzelanie na podwórzu więzienia przy ul. Montelupich w Krakowie, według relacji naocznego świadka egzekucji, wykonano ją „strzałem katyńskim”, w tył głowy. Katem wykonującym wyrok był prawdopodobnie Władysław Szymaniak, w protokole określony jako „dowódca plutonu egzekucyjnego” [dostęp 2010-11-09]..
Symboliczny grób ks. Władysława Gurgacza znajduje się na Cmentarzu wojskowym przy ul. Prandoty w Krakowie (kwatera LXXXII, rząd 3, miejsce 52)Lokalizacja kwatery na wikimapia.org.. Zrehabilitowany został 20 lutego 1992.
3 grudnia 2019 zidentyfikowano szczątki ks. Władysława Gurgacza odnalezione w październiku 2018 podczas prac ekshumacyjnych na Cmentarzu Rakowickim.
14 września 2021 spoczął w nowej Kwaterze Wojennej Żołnierzy Podziemia Niepodległościowego 1939–1963 na cmentarzu przy ul. Prandoty w Krakowie. mały|Grób ks. Władysława Gurgacza na cmentarzu wojskowym przy ul. Prandoty w Krakowie