Do oskarżania Bejlisa przed sądem, minister Szczegłowitow, posłał do Kijowa prokuratora Wipera – „Niemca przesiąkniętego nienawiścią nie tylko do Żydów, lecz i do wszystkich, którzy nie mają szczęścia należenia do wybranej rasy germańskiej”. Według Gruzenberga Czapliński nie pozwolił wytoczyć procesu prawdziwym mordercom – bandzie Wiery CzeberiakowejO. O. Gruzenberg, Yesterday : memoirs of a Russian-Jewish lawyer. University of California Press, 2021..
Po procesie Proces Bejlisa zdobył międzynarodowy rozgłos, w jego wyniku antysemicka polityka Imperium Rosyjskiego stała się przedmiotem zmasowanej krytyki. Sprawę Bejlisa porównywano do wydarzeń w Stanach Zjednoczonych, gdzie Żyd Leo Frank, księgowy w fabryce ołówków w Atlancie, został skazany na śmierć za zgwałcenie i zamordowanie trzynastoletniej Mary Phagan, a później – gdy wyrok zamieniono na dożywotnie więzienie – zlinczowany.
Po wyjściu na wolność Bejlis wraz z rodziną wyjechał z Rosji do PalestynyPamiętnik Bejlisa z podróży jego do Palestyny, Mendel Bejlis, Warszawa : Feliks Woyciechowski, 1914, wówczas prowincji Imperium Osmańskiego.