W 1816 roku kierownictwo ogrodu po prof. Hoffmannie objął prof. Michał Szubert. Uważał on, że miejsce w którym powstał ogród nie było odpowiednie do tego celu (mała powierzchnia, kiepski grunt). Podjął więc starania o jego przeniesienie. Proponowane przez niego miejsce – Ogród Horodyjskiego na Nowym Świecie – nie spotkał się jednak z aprobatą. 16 maja 1818 roku komisja przedstawiła plany ogrodu wraz z rysunkiem obserwatorium astronomicznego cesarzowi Aleksandrowi I.
15 grudnia 1818 roku można uznać za datę utworzenia warszawskiego ogrodu botanicznego, bowiem tego dnia Komisja Rządowa Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego uzyskała zgodę na przeniesienie dotychczasowej placówki na teren leżący w tzw. Ogrodzie Królewskim, położony obok Belwederu i obejmujący górną część Łazienek. Miejsce to stało się zaczątkiem istniejącego do dziś ogrodu botanicznego. Pieczę na nim przejął Królewski Uniwersytet Warszawski, który to powstał z inicjatywy Stanisława Kostki Potockiego i Stanisława Staszica, a za zgodą cesarza Rosji i króla Polski Aleksandra I, przez połączenie Szkoły Prawa i Nauk Administracyjnych (zał. 1808) oraz Warszawskiej Szkoły Lekarskiej zwanej też Akademickim Wydziałem Lekarskim (zał.