1809).

Powierzchnia ogrodu została podzielona na trzy części: naukową – poświęconą systematyce roślin, pomologiczną – z kolekcją drzew owocowych (przeznaczoną dla edukacji przyszłych ogrodników) oraz spacerową – dla tzw. szerokiej publiczności. Zaczęto sprowadzać rośliny zarówno z kraju, jak i z zagranicy.

W wydanym w 1824 spisie roślin znalazło się ponad 10 tysięcy gatunków.

1834–1901 Dalszy rozwój ogrodu uniemożliwiły walki powstania listopadowego, w wyniku których w 1834 zamknięto Uniwersytet, a z rozporządzenia namiestnika Iwana Paskiewicza niemal dwie trzecie powierzchni ogrodu wraz z pomarańczarnią i innymi szklarniami przyłączono do parku Łazienkowskiego. Kierownicze funkcje w Ogrodzie pełnili już tylko carscy urzędnicy. Wielokrotnie ponawiane prośby do ówczesnego namiestnika o przywrócenie Ogrodowi dawnej powierzchni okazały się nieskuteczne.