Jan Stanisław nie posiadał wystarczających talentów wojskowych, co spowodowało jego klęskę w bitwie pod Walmozją 17 stycznia 1626 roku.
Brał udział w sejmie 1626 roku, gdzie bronił nieudolności syna. W lipcu 1626 roku zapadła decyzja o oddaniu rzeczywistego dowództwa nad wojskiem Aleksandrowi Gosiewskiemu. Porażki przez niego poniesione skłoniły Lwa do optowania za rozwiązaniem dyplomatycznym konfliktu. Rozmowy te zakończyły się 27 stycznia 1627 roku i zakończyły się rozejmem. Od lipca do września 1627 roku brał udział w wojnie podjazdowej w Inflantach, po czym zdał dowództwo Gosiewskiemu. W lipcu 1628 roku brał udział w sejmie, mającym na celu rozwiązanie problemu wypłaty poborów dla żołnierzy, po czym udał się do obozu wojskowego, opuszczonego przez zniechęconego drobnymi porażkami Gosiewskiego. Brał udział obu sejmach 1629. W 1630 roku po raz kolejny został marszałkiem Trybunału Litewskiego, tym razem rozstrzygając za pomocą prerogatyw urzędu własne sprawy prywatne z rodem Radziwiłłów. Na sejmie 1631 roku sugerował przekazanie tronu Szwecji Zygmuntowi III w razie bezpotomnej śmierci Gustawa Adolfa. W trakcie trwającej choroby króla poparł na sejmie 1632 roku wniosek o wykluczeniu z wyboru kolejnego króla kandydatur cudzoziemskich, skłaniając się do poparcia któregoś z synów królewskich.