Makrofagi ponadto w zakażeniach patogenami produkują mediatory (limfokiny), na przykład interleukinę-1, która stymuluje limfocyty pomocnicze T do pomocy w przekształceniu się limfocytów B w immunoblasty B. Wytwarzają także prostaglandyny, które są pochodnymi kwasów tłuszczowych, i biorą udział w regulacji temperatury. Podwyższona temperatura organizmu (gorączka) ogranicza działalność drobnoustrojów, ponieważ zmniejsza zawartość żelaza we krwi. Wówczas zapotrzebowanie organizmów chorobotwórczych na ten pierwiastek nie jest zaspokojone, co może w konsekwencji zakłócić ich metabolizm.
Do układu fagocytarnego zalicza się: monocyty we krwi makrofagi tkankowe związane z podłożem (osiadłe) ułożone wzdłuż wypustek komórek tkanki siateczkowej różnych narządów, rozmieszczone w śródbłonku naczyń włosowatych typu zatokowego szpiku kostnego, śledziony i wątroby (komórki siateczkowo-śródbłonkowe gwiaździste) oraz występujące w tkance luźnej, czyli histiocyty wolne o dużej zdolności ruchu (w szpiku kostnym, śledzionie, węzłach chłonnych) makrofagi pęcherzykowe w płucach (komórki