Na żądanie niemieckie, 10 kwietnia zdemobilizowano i zwolniono do byłego zaboru rosyjskiego (okupowanego przez Niemcy i Austro-Węgry), pierwszy tysiąc żołnierzy. W tym czasie doszło do likwidacji II Korpusu, zakończonej bitwą pod Kaniowem. Rozważano w dowództwie Korpusu możliwość przejścia za Dniepr i przedarcia się przez ziemie rosyjskie do sprzymierzonych, lecz został on odrzucony. Mimo oporu konspiracyjnego organizacji piłsudczyków z Leopoldem Lisem-Kulą i Melchiorem Wańkowiczem na czele rozpoczął się proces likwidacji Korpusu.
21 maja 1918 Korpus został rozformowany i rozbrojony w twierdzy w Bobrujsku, po przyjęciu ultimatum przedstawionego 20 maja przez dowództwo niemieckie, pod groźbą użycia siły. Żołnierze mieli zostać zwolnieni tam, skąd pochodzą, a całość wyposażenia i konie przejęli Niemcy. Odmówiono tym samym praw Radzie Regencyjnej do kontaktów z korpusem. Po podpisaniu porozumienia, w nocy z 21 na 22 maja doszło do próby buntu i aresztowania gen. Dowbora przez członków konspiracji, lecz bunt nie zyskał poparcia i upadł. Ostatni transport wojsk Korpusu opuścił Bobrujsk 8 lipca 1918.