NOF odniosła swego rodzaju sukces w wyborach 1935 roku, w wyniku których Gajda uzyskał miejsce w parlamencie, które zachował do 1939. W tym czasie NOF charakteryzowała się silną orientacją antyniemiecką, wspierała zbrojenia i opowiadała się za wojną o Kraj Sudetów (). Po układzie monachijskim, Gajda w geście sprzeciwu zwrócił wszystkie francuskie i brytyjskie medale i odznaczenia. W 1939 został zrehabilitowany i przywrócony do stopnia generała. Był także aktywnym działaczem nowo utworzonej Partii Narodowej Jedności (Strana národní jednoty).
W marcu 1939 r. sytuacja na czechosłowackiej scenie politycznej była bardzo burzliwa. Miało miejsce kilka zamachów stanu, jeden z nich miał na celu uczynienie z Gajdy głowy państwa. Te amatorskie próby przewrotu zakończyły się fiaskiem, a 15 marca do Czech wkroczyły oddziały Wehrmachtu.
W czasie okupacji Gajda został zmarginalizowany i odszedł z polityki. Okazjonalnie pomagał czeskiemu ruchowi oporu, umożliwiając ucieczkę partyzantów na ziemie polskie, czy kryjąc działalność własnego syna. Choć stał się obiektem zainteresowania gestapo, uniknął aresztowania.