W 1939 r. współorganizował konspiracyjne Stronnictwo Pracy. Z jego inicjatywy w 1940 r. zlikwidowano rozłam w SP, wprowadzając w jego szeregi grup dawnych działaczy NPR-Lewica. W tym czasie na postawę Felczaka wywarł Jan Stachniuk, lider neopogańskiej grupy „Zadruga”, z którym miał kontakt przez Feliksa Widy-Wirskiego. Związawszy się z lewicowym skrzydłem SP, zaczął odchodzić od postaw chrześcijańsko-społecznych. Od 29 marca 1942 r. był oficjalnym przedstawicielem Stronnictwa Pracy w Politycznym Komitecie Porozumiewawczym (PKP). Wykorzystując swoją pozycję, działał na rzecz zmiany konfiguracji politycznej (na lewo) nie tylko w SP, ale i w PKP, próbując w miejsce Stronnictwa Narodowego wprowadzić komunistów z PPR. Chcąc zjednać przebywającego w Londynie Karola Popiela, wysyłał depesze, wykorzystując w tym celu swojego brata Wacława, będącego kurierem Rządu RP na uchodźstwie z władzami Polskiego Państwa Podziemnego.
25 października 1942 r. kierownictwo SP odwołało Felczaka z PKP, zarzucając mu intrygi oraz próbę zamachu na dotychczasowy program kierownictwa. Późną jesienią 1942 r. został wykluczony z KW SP, a w lutym 1943 r. wraz ze współpracownikami (Jan Teska, Henryk Trzebiński) wykluczony ze Stronnictwa Pracy.