Od XV do XVIII wieku Po uspokojeniu sytuacji Krajna ponownie stała się miejscem ożywionego ruchu osadniczego. W XV i XVI wieku zaczęli przybywać tu Czesi, Niemcy i Żydzi uciekający przed prześladowaniami religijnymi. Krajna cieszyła się spokojem do potopu szwedzkiego (1655-1660). W wyniku toczonych walk i szwedzkiej okupacji pomyślnie rozwijający się region podupadł. Jeszcze większą klęską dla Krajny okazała się wojna północna (1700–1721), która oprócz upadku gospodarki stała się przyczyną klęski głodu i epidemii czarnej ospy. W miastach liczba ludności zmniejszyła się o ok. 70%, na wsiach o 50%.
Okres zaborów Po I rozbiorze Polski w 1772 Krajna znalazła się w zaborze pruskim. W latach 1807–1815 południowo-wschodnia część Krajny była częścią Księstwa Warszawskiego. Po likwidacji Księstwa ponownie cała Krajna została wcielona do Prus. Pod zaborem znajdowała się do 1919 roku. Okres zaborów wiązał się z wzmożoną niemiecką akcją kolonizacyjną. Jednak nie wszystkim osadnikom udało się zadomowić na Krajnie. Obszar ten silnie dotknięty był zjawiskiem ucieczki Niemców na Zachód, także do Stanów Zjednoczonych (tzw. Ostflucht). Pomimo germanizacji prężnie działały tu różne polskie organizacje, przede wszystkim Związek Polaków w Niemczech, zarządzany przez ks.